Quasi tre anni e mezzo più tardi, Paulo Fonseca ritrova il Gent, e lo fa nel momento più complicato da quando siede sulla panchina della Roma. Il tecnico portoghese, reduce da tre sconfitte di fila, cerca riscatto in Europa League affrontando il club belga, già incrociato in questa competizione quando guidava lo Shakhtar Donetsk.

Era la fase a gironi della stagione 2016-17, raggiunta dagli ucraini dopo aver eliminato nei play-off l'Istanbul Basaksehir che, a sorpresa, ha vinto il girone dei giallorossi quest'anno. Gli arancioneri si ritrovarono nel Gruppo H con la squadra belga, i turchi del Konyaspor e il Braga, che lo stesso Paulo aveva condotto in Europa League pochi mesi prima, chiudendo la Primeira Liga al quarto posto.

Quel raggruppamento la squadra di Fonseca lo dominò in lungo e in largo, chiudendo a punteggio pieno (18 punti) e un bilancio di 21 gol fatti e 5 subiti. Dopo l'1-0 in trasferta con il Konyaspor, Paulo battè 2-0 il "suo" Braga, arrivando così al doppio confronto nell'arco di due settimane con il Gent.

A Leopoli gara a senso unico: 5-0 per lo Shakhtar, grazie alle reti di Kovalenko, Facundo Ferreyra, Bernard, Taison e Malyshev. I belgi erano tutt'altra squadra, questo va detto: l'undici è totalmente cambiato, così come la guida tecnica (all'epoca c'era Vanhaezebrouck, ora l'ex portiere Preud'homme).

Nella gara di ritorno alla Ghelamco Arena, il 3 novembre 2016, altra "manita" degli ucraini, stavolta costretti a rimontare l'iniziale svantaggio: gol di Coulibaly per il Gent, quindi Marlos, Taison, Stepanenko e Fred ribaltarono il risultato. Perbet, Facundo Ferreyra e Milicevic fissarono il punteggio sul 5-3 finale. I belgi riuscirono comunque a strappare il pass per i sedicesimi di finale, strappando il secondo posto nel girone proprio al Braga.

E mentre lo Shakhtar di Fonseca si arrendeva (dopo i tempi supplementari) al Celta Vigo, il Gent riusciva nell'impresa di eliminare il Tottenham: 1-0 in Belgio, 2-2 a White Hart Lane con un inedito autogol di Harry Kane. L'avventura dei "Bufali" quell'anno però si fermò agli ottavi di finale contro i connazionali del Genk: nel ko per 5-2 dell'andata segnarono anche gli "italiani" Colley e Malinovskyi, nell'1-1 maturato al ritorno l'esterno Timothy Castagne, ora in forza all'Atalanta.